Pesantren Tahfizh Madinatul Qur’an, menerapkan sistem boarding atau asrama, seluruh siswa, baik tingkat SMP dan SMA bermukim di dalam asrama yang telah disediakan oleh pihak Yayasan Madinatul Qur’an sehingga tercipta pendidikan yang terpadu dengan kurikulum yang terintegrasi secara baik.
Konsep SMP Tahfizh Qur’an Terpadu atau SMP TQT Madinatul Qur’an adalah pesantren-sekolah, di mana para peserta didik bermukin di dalam asrama, mempelajari literatur ilmu keislaman melalui konsep pendidikan pesantren, serta ditambah pelajaran umum.
Kurikulum SMA TQT Madinatul Qur’an adalah perpaduan antara kurikulum Diknas dengan kurikulum pesantren & Tahfizh, serta merupakan program & kurikulum lanjutan jenjang SMP TQT, sehingga program belajar di Madinatul Quran selama 6 tahun tuntas secara penuh & berkelanjutan
Ma’had Madinatul Qur’an adalah lembaga pendidikan Islam yang diperuntukkan untuk lulusan SMA yang ingin fokus pada hafalan Al-Qur’an yang bermukim di pesantren. Selain hafalan, Ma’had Maditahul Qur’an juga membekali para santri untuk belajar Dirosat Islamiyah secara lebih dalam selama dua tahun.
